Альтернативный способ заключается в использовании в Autoexec.bat команды call, вызывающей другой пакетный (*.bat) файл. Необходимые для ДОС и NT переменные Вы можете разместить в Autoexec.bat, а переменные, используемые только в ДОС, - в вызываемом пакетном файле.